Druga generacja modelu Neon pojawiła się na rynku jesienią 1999 roku. Ogólna koncepcja pojazdu pozostała bez zmian. Nowe nadwozie otrzymało większy o 25 mm rozstaw osi, a bardziej dopracowane kształty wpłynęły na dalsze zredukowanie wartości współczynnika oporu powietrza Cx. Zrezygnowano z dalszej produkcji wersji dwudrzwiowej.
Podstawową jednostką napędową był czterocylindrowy silnik benzynowy o pojemności skokowej 2,0 dm3. Napęd przenoszony był na koła przednie za pośrednictwem mechanicznej skrzyni przekładniowej o pięciu biegach lub trzybiegowej skrzyni automatycznej.
Jesienią 2001 roku wprowadzono na rynek europejski bardziej ekonomiczną wersję tego modelu, która napędzana była mniejszym silnikiem o pojemności 1,6 dm3. W tych modelach nie stosowano "automatów", ale w następnym roku podstawowa wersja Neona mogła być wyposażona w nową czterobiegową skrzynię automatyczną.
Również w 2002 roku gamę modeli powiększono o bardziej dynamiczną wersję noszącą dodatkowe oznaczenie R/T.
Zakończenie produkcji samochodów Neon drugiej generacji nastąpiło jesienią 2005 roku.
Wszelkie prawa zastrzeżone - AUTO-ERA - 2002-2020 ; Korzystanie z portalu oznacza akceptację Regulaminu